Fue la hacienda dominante y más extensa del cantón de Urcuquí, ocupando aproximadamente 872 hectáreas.

Perteneció inicialmente a los jesuitas y posteriormente al General Juan José Flores, primer Presidente Constitucional de la República del Ecuador.

Más adelante pasó a manos de Don Jacinto Jijón y Caamaño y Flores, historiador, líder del extinto Partido Conservador y emprendedor de la industria azucarera en los años veinte.

El último dueño de la legendaria hacienda San José, fue el señor Francisco Salvador.

Hoy por hoy la hacienda San José funciona como el campus de la Universidad Yachay Tech, donde diariamente conviven estudiantes, docentes, personal administrativo y de servicios, junto a visitantes nacionales e internacionales interesados en conocer la Universidad.

Sirvió como capilla religiosa para los trabajadores de la hacienda, el ingenio azucarero y los habitantes de la zona, quienes se congregaban para agradecer por el trabajo, la siembra y la cosecha.

La Sala Capitular ahora se la utiliza como aula magna, donde se llevan a cabo seminarios de investigación, sirve como recinto de reuniones para los distintos clubes universitarios y también se utiliza como recepción para los invitados a charlas magistrales en Yachay Tech.

Dotado con maquinaria alemana e impulsado por un sistema de acueducto bañado por las aguas de la cuenca hídrica de la Reserva Cotacachi-Cayapas, se constituyó como uno de los ingenios más avanzados del país y de la región.
La nómina de trabajadores promedio en el ingenio era de cincuenta personas.
En 1964 migró del sistema de acueducto a la utilización de energía eléctrica.
En su mejor época, llegó a producir 240 sacos de azúcar diarios, que se comercializaban en la zona norte del país, principalmente en Quito e Ibarra.
El ingenio azucarero paró sus operaciones en 1992 debido al surgimiento de nuevas y más modernas industrias.

Hoy en día, una parte del ingenio se ha convertido en un museo que contiene intacta la maquinaria que se utilizaba para el procesamiento de la caña de azúcar, otra sección alberga oficinas administrativas y la biblioteca de Yachay Tech. Finalmente junto a la antigua edificación se construyó otra de similar apariencia, en la que se encuentran algunas aulas y los laboratorios de docencia.

Construido inicialmente con adobe, caña guadúa, piedra y teja, constituyó la mansión blanca y neoclásica de la hacienda San José. De bellos jardines y senderos de piedra, sirvió para alojar a los diferentes dueños, administradores e ilustres invitados que tuvo la hacienda.

Actualmente el Chalet es la residencia de Rector y se lo usa como salón de eventos protocolares.