Fue la hacienda dominante y más extensa del cantón de Urcuquí, ocupando aproximadamente 872 hectáreas.
Perteneció inicialmente a los jesuitas y posteriormente al General Juan José Flores, primer Presidente Constitucional de la República del Ecuador.
Más adelante pasó a manos de Don Jacinto Jijón y Caamaño y Flores, historiador, líder del extinto Partido Conservador y emprendedor de la industria azucarera en los años veinte.
El último dueño de la legendaria hacienda San José, fue el señor Francisco Salvador.
Hoy por hoy la hacienda San José funciona como el campus de la Universidad Yachay Tech, donde diariamente conviven estudiantes, docentes, personal administrativo y de servicios, junto a visitantes nacionales e internacionales interesados en conocer la Universidad.